Nach Freilassung gegen Kaution durch das Oberste Gericht, welches gegen ihn den Vorwurf des Verrats und der Vergewaltigung aufhob, wurde er direkt danach wieder ins Gefängnis gebracht, wegen der weiterhin bestehenden Anschuldigung des „Terrorismus“.
Auf der Commonwealth Konferenz in Malta verteidigte Präsident Museveni die Verhaftung von Oppositionskandidat Dr. Besigye, der vor einem Militärgericht wegen illegalem Waffenbesitz angeklagt ist. Zwei seiner Rechtsanwälte, die die Kompetenz des Gerichts bestritten, wurden verhaftet.
Nach der Verhaftung seines Gegenkandidaten, Dr. Besigye, hat Präsident Museveni seine eigene Kandidatur für die Präsidentschaftswahlen 2006 angekündigt.
Kurz nach seiner Rückkehr aus dem Exil wurde Oppositionsführer Dr. Kizza Besigye verhaftet und des Hochverrat und Vergewaltigung angeklagt. Besigye ist der stärkste Herausforderer gegen Präsident Museveni in den Präsidentschaftswahlen im März 2006. Bei gewalttätigen Protesten seiner Anhänger wurden mehrere Demonstranten von der Polizei erschossen.
Der Internationale Aidsfonds wird seine Hilfe im Wert von 367 Millionen Dollar, die wegen Korruption suspendiert waren, wieder auf. Uganda muss allerdings das gestohlene Geld zurückzahlen.
LRA-Milizen haben zwei Minenexperten der Schweizer Organisation Fondation Suisse de Déminage (FSD) bei einer Straßensperre im Südsudan in der Nähe der Grenze zu Uganda ermordet. Die LRA hat in letzter Zeit immer öfter Mitglieder von Hilfsorganisationen angegriffen. Manche haben aus Sicherheitsgründe ihre Arbeit gestoppt.
Zwei Mitarbeiter von Hilfsorganisationen kamen bei drei Angriffen von LRA-Rebellen ums Leben. Oxfam beschloss, seine Mitarbeiter aus dem Norden des Landes zurückzuziehen.
Dr. Kizza Besigye, der 2001 den Wahlkampf gegen Präsident Museveni führte und sich nicht mehr seines Lebens sicher fühlte, kehrte aus dem Exil in Südafrika zurück. Museveni drohte mit einem Strafverfahren wegen angeblicher Verbindungen zu der im Kongo tätigen Rebellenbewegung FDC.